法院不愿受理支付令是因为法院担心债务人异议权滥用，所以一般不使用支付令。同时支付令申请条件苛刻，债权人申请动力不强，在实践中，很多债务人为了逃避债务隐匿行踪，这导致支付令送达较难。督促程序不在法院考核范围，工作人员积极性不高。
支付令的优点使得该程序在德国、日本等大陆法系国家运行良好，德国督促程序利用率甚至超过80%。与此同时，支付令在我国使用却不尽人意，法院一般不愿受理支付令。
1、债权人和法院担心债务人异议权滥用，一般不使用支付令
《民事诉讼法》第217条规定：“经审查，异议成立的，应当裁定终结督促程序，支付令自行失效”。
虽然该条款增加了对债务人异议的审查，但是由于没有明确的异议审查标准，只要债务人对债权人主张的债权提出异议，也不需要提交任何证据，就可能导致督促程序终止。一旦督促程序终结，债权人于此前付出的成本，包括时间、人力和费用在内瞬间归零。
2、支付令申请条件苛刻，债权人申请动力不强
《民事诉讼法》第429条规定：“债权人申请支付令，首先必须是已到期且金额确定的金钱、汇票等有价证券；其次，债权人没有对等的给付义务；再次，债务人在我国境内且未下落不明，支付令能够送达债务人；最后，债权人未向人民法院申请诉前保全。”
在实践中，很多债务人为了逃避债务隐匿行踪，这导致支付令送达较难。最关键的是债权人未向人民法院申请诉前保全。在这种情况下，一旦向债务人发出支付令，就会出现15日的空档期，债务人可以有充足的时间转移资产、逃避债务，导致支付令最终执行困难。
3、督促程序不在法院考核范围，工作人员积极性不高
督促程序自制度设立以来一直未被纳入法院系统绩效考核的指标体系，督促程序适用率长期游离于法院绩效考核工作之外，其结果必然是督促程序适用问题难以进入法院重点工作的视野，更难以成为法院重点推进的工作事项。
