麒麟9000和麒麟9000e只在GPU上有所区别，麒麟9000是24核心Mali-G78，麒麟9000E是22核Mali-G78。
麒麟9000芯片是华为公司于2020年10月22日20:00发布的基于5nm工艺制程的手机Soc。其基于5nm工艺制程打造，集成多达153亿个晶体管，包括一个3.13GHz A77大核心、三个2.54GHz A77中核心、四个2.04GHz A55小核心。
麒麟9000芯片包含两个规格：麒麟9000和麒麟9000E。麒麟9000E由Mate40搭载，Mate40 Pro、Mate40 Pro 与Mate40 RS保时捷版则搭载麒麟9000。
9000E是麒麟9000的阉割版，但值得一提的是，虽说是阉割版，但麒麟9000E同麒麟9000一样，都是全新的5nm制程 A77 G78架构，参数差异不大。
首先两者均集成了华为的巴龙5000 5G基带，搭载华为自研的图像信号处理器ISP 6.0，并且支持4K HDR视频录制、HiFi以及LPDDR 5内存等，基本上麒麟9000有的，9000E也都有，两款处理器日常使用并不会有什么差距。
而在CPU部分，两者都是8核心设计，分别是一个3.13GHz Cortex-A77超大核、3个2.54GHz Cortex-A77大核、4个2.05GHz Cortex-A55能效核心。不同的是在GPU方面，麒麟9000E从麒麟9000的24核心Mali-G78减少到22核心， 以及NPU从2个大核 1个小核减少到1个大核 1个小核心。
总的来说，麒麟9000的整体性能会略微高于麒麟9000E，主要区别有两个。麒麟9000E的GPU核心数量比麒麟9000要少了两个，NPU核心数也比麒麟9000要少一个。所以在游戏和拍照方面，麒麟9000E的表现应该会比麒麟9000稍弱一点，日常使用应该是感受不到什么差距的，毕竟核心配置和制程工艺都是一样的。
