生物菌在土壤中繁殖条件，生物菌肥应避免日光直射，故不宜直接撒于地表，应与有机肥混合深施效果较好。复合微生物菌剂可用于有机肥堆制和发酵，自制成生物有机肥。微生物菌肥可以和营养土混合用于蔬菜育苗，也可在蔬菜定植时穴施或沟施。应特别强调的是，微生物菌肥不能与杀菌剂混用或同期使用，否则会杀死菌肥中的微生物，失去生物效应。
要改善土壤条件，提高菌肥效力。微生物菌肥中的活菌多属于好气类菌，只有在适宜的水分、温度、氧气、pH值等土壤理化条件下它们才会旺盛活动、作用明显。为此，微生物菌肥施入后一定要保持土壤耕层疏松、湿润，为菌体活动创造适宜的条件。因为活菌在土壤中有一个增殖过程，所以它用做基肥效果较好；如作为追肥施用，需适当提早施入；寒冷季节温度较低，不宜在露地使用。
微生物菌肥施入土壤后要经过大量繁殖形成一定的群体后，才能发挥作用。它与有机肥配合，可为微生物繁殖提供必须的碳源和养料，有利于扩大菌群。因为生物菌剂本身不含养分，生物有机肥也只有部分养分，所以要根据菌种组成、土壤营养及作物需肥特点配合适量化肥，使它发挥更好的效果。
