1、两者代表的房屋类型不相同。
红色房产证是房产所有权和土地所有权合二为一的一个证，通俗一点来说，就是商品房房产证。绿色房产证是属于房地产共有证，虽然也是属于财产证明的一种，但是主要是针对于经济适用房、福利房等政策性用房。
2、两者使用限制时间不相同。
如果是持有红本房产证的所有权人，可以对所持有的房产自由进行交易所得的资金自己进行分配，同样也可以抵押给银行从而进行贷款，最重要的是，这些权利都是受国家保护。绿色房产证具有一定的限制性，例如个人持有绿本房地产经济适用房，国家要求5年之内不得交易转证或抵押贷款。
3、两者的含义不同。
由于红色的房产证是所有权和地所有权合二为一的一个证，也就是真正意义上的房产证，户主拥有完整的房屋所有权，这个房子除了可以居住，还具有依法转让，抵押贷款等交易的权利。
但是绿色的房产证就不同了，它代表的是非市场商品房，也就是所谓的小产权房，有减免的优惠政策，卖给特定的对象，所以说这个房子的房产权是受限制的，不能转让和抵押，也不能登记过户等。
4、两者包含的内容也不相同。
红色的房产证包含房屋所有权人、共有情况、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况;而绿色的房产证对比房产证增加了镭射区、不动产单元号、适用期限等内容。
5、两者的办理费用不同。
房产证在办理这些证书时，需要按照土地面积、房产面积分别进行两次测绘、缴纳两次测绘费用，缴纳两次制证成本费。不动产证测绘只要一次就行，制证的成本费也就收一次。另外，购房时，也不必再多多部门来回跑，所有手续都可在不动产登记中心一站完成。
房产证有什么用?
1、房产证是房产的买卖、交换、租赁和抵押时出具的重要法律文件。没有办好房产证的房产不能进行买卖交易。
2、任何房产交易行为的第1个步骤就是验证房产证的真实和有效性，可以这样说，房产证是一切买卖交易的基础法定文件。
3、没有办好房产证的房产不能进行转让、赠与和继承。还是那句话，在没有拿到房产证之前，购房者还不能算是该房产的法律意义上的拥有者。
4、置换与出租等形式的房产交易行为同样无法进行，即使签定了相关合同或协议也会被视为无效，不能受到法律保护。
5、在没有拿到房产证之前该房产无法进行质押、典当等行为。无法通过房产的质押、典当来获得贷款或承担其它民事责任。
6、在该房产所处土地被征用或房屋被拆迁时无法按国家政策及相关拆迁法规获得拆迁补偿。现在房产市场上的所谓“小产权住房”就会因没有房产证存在这些问题。
7、在没有拿到房产证之前该房产的所有权仍然属于开发商，如果开发商存在将房产抵押借贷的行为或因债务问题被强制执行时，该房产可以被债权人(如银行)依法拍卖还贷。
