1、补偿标准低。土地管 偿标准授权由省、自治区、直辖市具体规定。而有的省、自治区、直辖市人民政府违反立法法的规定，没有严格按照授权目的行使该项权力，将该授权给下级行政机关，下级行政机关为了减少土地储存成本，维护地方政府利益，通常将补偿标准规定较低。
2、随意性大。在农民房屋拆迁补偿纠纷案件中，有的拆迁人暗箱操作，与被拆迁农户签订拆迁安置补偿协议严重缺少公开、公平性，对同样被拆迁农户的房屋，在同等的条件下，得到的安置补偿结果不一样;另外，有的农村集体经济组织依法收回土地使用权的补偿标准，交由村民会议按照民主议定程序决定，补偿标准随意性大。
3、拆迁协议凸显家事代理性。在农村，集体土地上的房屋一般仅办理了集体土地使用权证，而未办理房屋所有权证。
房屋评估机构的选定
根据《国有土地上房屋征收评估办法》第三条规定，房地产价格评估机构由被征收人在规定时间内协商选定;在规定时间内协商不成的，由房屋征收部门通过组织被征收人按照少数服从多数的原则投票决定，或者采取摇号、抽签等随机方式确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。从这条规定可以看出，房屋评估机构并不是由征收方单方说的算，而是通过双方在协商的基础上选定的。并且评估结果必须公平、公正，任何个人或者组织都不能干预。
房屋评估结果的异议处理
根据《国有土地上房屋征收评估办法》有关规定，被征收人或者房屋征收部门对房屋评估报告有疑问的，可以申请房屋复核评估(自收到评估报告之日起10日内)，如果对该复核评估报告仍然有疑问的可以向被征收房屋所在地评估专家委员会申请鉴定(自收到复核结果之日起10日内)。
所以，如果您觉得房屋鉴定结果过低或者不合理，担心征收方与房屋评估机构“私下串通”操控房屋鉴定结果，您可以申请对房屋进行重新评估，并可以提出鉴定申请。
但有时候，评估机构与征收方的利益瓜葛如错综复杂的百年榕树根须一般，剪不断、理还乱。无论被征收人申请几次复核房屋评估，可能都难以保证公平性和真实性。这时候，您可以提起行政复议，或者提起行政诉讼，来维护自己的合法权益，获得合理的征收房屋补偿。
