1、计划的编制和审核：
当地市、县级人民政府及其相关部门需要对本行政区域内棚户区的房屋实际情况进行调查，编制该地区的改造计划，并将改造计划上报到重要项目建筑指挥部办公室，由该办公室召集其他相关部门一起对改造计划的可行性以及公益性进行审查。
2、征询意见、办理手续：
改造计划经确认后，当地的市县级人民政府需要组织相关部门对改造项目范围内的房屋所有人和公房承租人进行征询意见的工作。若大部分房屋所有人和公房承租人都同意改造的，则政府就可以确定相应的拟征收范围了。在确定要改造之后，当地各部门会简化审批手续，加快棚户区改造项目的推进。
3、暂停办理，调查登记：
暂停期的规定是跟《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定相同的，当地市县人民政府在确定征收范围后会发布暂停公告，要求在一年内禁止抢建、扩建、新建房屋等行为。同时，房屋征收部门还有组织对要征收的房屋进行实地调查，包括权属、用途、建筑面积，并予以公告。
4、征询方案，预签协议：
棚户区改造中也有安置补偿方案的要求，经批准后的安置补偿方案需要在房屋征收范围内征求被征收人的意见。如果被征收人对该安置补偿方案不满意的，可以以书面的形式提交意见书。多数被征收人都有意见的，征收方还需要举行听证会，并就听证会和公民意见修改方案。方案通过后，征收方就会组织被证书方签订附生效条件的预征收协议。
5、决定征收或补偿：
在市、县级人民政府作出征收决定之后，预征收协议就跟正式协议一样生效了。签订了协议的，征收方会按照协议进行补偿；未签订协议的，则由相关部门重新作出补偿决定。
6、强制执行：
如果在征收补偿决定规定的期限内不搬迁的，征收方可以申请人民法院强制执行。
