黑木耳本身没有毒，当黑木耳泡发的环境温暖湿润，时间足够长，就可能产生生物毒素，并迅速繁殖至“中毒剂量”，或者是一些菌类可能在泡发过程中产生变性，大量繁殖，此时食用很有可能中毒。
就目前已知的资料来看，木耳里面并没有毒素，或者是直接转化为毒素的物质。木耳的主要化学成分为多糖，此外还含少量蛋白质和极少量的脂肪，还有麦角甾醇、维生素D2和黑刺菌素。这些物质并不构成对人体的伤害或者潜在伤害。所以，木耳泡发时间长会发生杂菌污染造成问题的可能性非常大，不一定是木耳的问题。你把泡发的鲍鱼放三天，估计结果更恐怖。按理说，真菌并不是良好的培养基，所以不排除泡发时就接触了一些有害菌的可能。
黑木耳是一种非常有营养价值的食品，但近日来却被传得让人畏惧。一篇名为《黑木耳太可怕了，这样吃可能会丢命！》的帖子中提到，日前，杭州有一名男子吃了泡发3天的黑木耳后，起初腹泻，全身出现黄疸，后竟出现多脏器功能衰竭，在ICU抢救一周后才脱离危险。另外一位常德居民邓女士吃了泡发2天的黑木耳，引发食物中毒，致多器官功能衰竭，最终医治无效身亡。这都是因为吃泡久的木耳，因为泡久了会变质产生毒素，或滋生细菌和真菌等致病微生物。如果木耳泡的时间过长，就等于是给自己和家人泡了一锅毒药。
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