双方补充协议只签字是否有效要看具体情况。如果是自然人的话，本人签了字但没有按手印的，该补充协议仍然有效；但是如果是公司的，就需要盖上公章，或者是根据合同约定的内容，有法定代表人的签字也有效。
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。
时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。
《合同法》
第六十一条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。
