1、贷款金额不同：商贷一般不限，公积金有限制。公积金贷款封顶金额100万。
2、贷款利率不同：公积金贷款利率比商贷要低很多，5年以上，公积金基准利率是3.25%，商业贷款是4.9%。
3、可贷范围不同：商业贷款不限，而公积金只能给住宅贷款。
4、二套界定规则不同：商贷只认贷不认房，公积金贷款认贷又认房。
公积金贷款的优势
1.贷款享受低利息。
公积金贷款利息一直低于商业贷款，住房公积金贷款作为政策贷款，利率低，住房公积金贷款利息低于商业银行住房贷款基准利率约2个百分点。
2、住房公积金贷款利息可抵扣个人所得税。
相关法律规定，个人支付的住房公积金贷款利息可以从每月个人工资、工资收入的应纳税收入中扣除。
3、公积金提前偿还规定宽松。
购房时如果是公积金贷款，购房者如果想提前偿还，可以申请提前偿还所有贷款，如果只是提前偿还一部分，只要符合条件，资料齐全就能顺利处理。另外，公积金贷款提前偿还政策宽松，不受时间、金额、次数的限制，借款人可以随时提前偿还，不收取借款人的费用，商业贷款提前偿还一般要收取一定的违约金。
公积金贷款流程
1、提交公积金贷款申请。
如果需要使用公积金贷款，首先贷款人需要向自己所在城市的公积金管理中心提交贷款申请，提供贷款所需的资料。
2、公积金贷款初审。
公积金管理中心收到贷款人提出的贷款申请后，审查贷款人的资格、贷款额、贷款期限、贷款资料等信息，提出意见。
3、签订公积金贷款合同。
贷款人通过公积金中心方面的审查后，收到贷款承包银行的通知。此时，借款人只需在规定时间内携带身份证、户籍薄、银行账号等资料，向承包银行办理借款合同签订手续。
4、办理房屋保险和抵押贷款登记手续。
与银行签订贷款合同后，贷款人必须按要求办理保险和抵押登记手续，但办理时产生的费用由贷款人自己承担。
5.等待公积金贷款的放贷。
贷款人办理抵押登记手续后，贷款合同也生效，银行按合同约定日期将贷款转入指定的账户，将贷款收据发送给贷款人。
