清朝入关之初，政权还没有完全巩固下来，也还没有像后来那般严格规定汉臣上朝必须穿清廷规定的朝服。所以汉臣和满臣上朝时，服装是不一致的，满臣身着满服，汉臣皆博冠大秀，汉人装束，而且满、汉大臣各站一班。
求宠心切的孙之獬投降后就剃发、改穿满服，却两头受歧视。自认高人一等的满臣不认可他，不让他站在满人的队伍。汉官对他的行为感到不齿，也不让他入班。在两边都不受待见的情况下，孙之獬恼羞成怒，向当时的摄政王多尔衮上了一道奏章，奏请给汉人剃发，并且说，如今汉人的衣冠束发之制仍保持以前的习惯，那就是陛下你顺从中国，而不是中国顺从陛下。
孙之獬的话击中了多尔衮的神经。顺治二年（1645年）六月，清政府颂布“剃发令”，规定“留头不留发，留发不留头”，不从者治以军法。清廷推行“剃发易服”的态度非常坚决，对反对者的处罚极其严厉。1654年，降清后一直深受多尔衮信任的汉臣陈名夏只因私下议论“只须留头发、复衣冠，天下即太平矣”，即遭人弹劾，并被处以绞刑。
对于习惯了汉儒发式和盛唐袍服的汉族人来说，剃发易服是不能接受的。“身体发肤，受之父母，不得毁伤”，对于一直以孔孟伦理为原则的汉人来说，衣冠发型比命还重。很多汉人视“剃发易服”为一种侮辱，认为这种文化习俗上的改变是数典忘祖，是对祖先的不敬，死后会没有面目见先人于地下。因此，“剃发易服”成为清初主要的社会矛盾之一，并且加剧了汉人对满清的敌对情绪。
发布剃发令之前，当时的汉族老百姓和大部分官员已经基本接受了满人统治的既成事实。然而，剃发令让部分汉人遭到了比改朝换代更加强烈的刺激，他们保卫本民族精神和风俗的立场空前统一，清政府遭遇了比改朝换代更为激烈和持久的反抗。本来渐趋平静的江南地区顿时如水入沸油般四处爆发起反抗的怒潮，各地的义民纷纷揭竿而起，杀死清军安排的地方官吏，开始了反清复明的抵抗运动。其中著名的领袖有嘉兴的徐石麒、松江的沈犹龙、常熟的何沂、太湖的徐云龙、昆山的朱集璜等。清廷对此采取了血腥的镇压政策，数百万人头因此落地，整个中国大地陷入“留发与不留发”的血雨腥风之中。
清朝统治者推行“剃发易服”的原因，大多历史学家认为是满族统治者希望通过“剃发易服”来打击、摧垮汉族人尤其是上层人士的民族精神，以便更好地维护满族的统治地位，保持满族不被汉族同化。满族统治者的这一目的后来基本达到了预期效果。辛亥革命推翻清帝国时，居然有些汉人不愿剪辫子，其中有不少人恐怕是害怕剪去辫子后被官府杀头。可见“留头不留发，留发不留头”的“剃发易服”政策对汉族影响极深。
孙之獬的建议让百万人头落地，但他自己的结局也并不好。
“剃发令”颁布的第三年，孙之獬因受贿卖官被弹劾，又一次被革职遣还老家淄川。当时山东谢迁等人起义，攻入淄川城后，将孙之獬一家男女老少全数杀死。据《烈皇小识》《顺治实录》等记载：孙家的男女皆被用极其残忍的手段杀害。孙之獬的下场更惨烈，被五花大绑达十多天，羁押期间，他的身上被下了五毒，嘴被用大针缝了起来，头皮上还被扎满细洞，人们争相用猪毛给他重新“植发”，惨遭如此蹂躏之后，最后被肢解碎割而死。
