从1984年开始，佟洵展开了对李莲英死因的调查。她发现，据现存史料记载，李莲英是因病而终，但这无疑与李莲英棺木中的景象是矛盾的。
偶然的一次，佟洵发现了史料中的一个疑点，随后她又相继发现了一些可疑的地方。终于，佟洵做出了一个令社会哗然的推断，李莲英是被人害死的。这一观点的提出立刻引起了轩然大波，争论声不绝于耳……
史料记载，李莲英的死因不明
1984年7月的一天，一名中年女性来到了中国第一历史档案馆借阅档案。这位女士名叫佟洵，她正着手准备毕业论文,选择的人物是清朝太监李莲英。
对于李莲英离开皇宫之后的生活状况，种种史料都有着几乎雷同的记载。那就是李莲英因病而终，并没有任何意外发生。但问题却在于，假如李莲英果真是寿终正寝，又该如何解释其墓中身首异处的现实呢？
一天，当佟洵又一次读到李莲英的墓志铭时，发现其中一处模棱两可的表述：他的墓志铭用了一个陨字，陨就是死了的意思，但没有病死的含义。此外，佟洵还发现，虽然相关史料中都提到李莲英是因病而终，但对他的病因却只字未提。
1985年，佟洵发表文章《李莲英死因之谜》。文章中，不仅首次披露了1966年挖掘李莲英之墓的全过程，以及李莲英身首异处的真相，更提出了李莲英死于非命的观点。但在学界，却有不同的声音。唐益年，中国第一历史档案馆研究员。这些年来，他几乎翻阅了全部的清代太监档案。对于李莲英究竟是否死于非命，他并没有给出肯定或否定的评断，但他认为，在那些流传于民间的种种说法中，有诸多值得商榷之处。
在唐益年眼中，机警圆滑的李莲英绝不可能是被宫中仇敌所杀。唐益年认为，在清朝开国之初，顺治皇帝就立了一个铁牌，规定了太监不许干预朝政，所以李莲英根本不可能参与朝廷内的党派之争，在这种情况下，他不可能得罪了革命党人，等他临死出宫时，对于政事更没影响了，所以杀他没任何意义。同时唐益年还认为，李莲英被悍匪杀死于讨债路上的故事更是杜撰。无论是李莲英的财富地位，还是他离宫后岁过甲子的年龄，都不可能亲自出门讨要债务。
研究员称，李莲英被杀于后海
争论没有结果，新的声音却再次出现。1990年，《纵横》杂志刊登了一篇名为《李莲英身首异处之谜》的文章。这篇文章出自北京文史研究馆已故研究员颜仪民。他在文中不仅肯定了李莲英被人杀害，而且详细描述了李莲英被杀的细节：李莲英在出宫后，一直住在护国寺棉花胡同的一所自家宅院内，过着与世隔绝的生活。
一天，李莲英突然接到一张请帖，发帖之人是清末第一号实权人物，袁世凯的红人，九门提督———江朝宗。请帖中说，要请李莲英在什刹海会贤堂吃饭。面对这张非同一般的请帖，李莲英犹豫不定。权衡半天，李莲英最后决定：准时赴宴。不过，他万万没料到在回家的路上，遭遇了暗算。事后，其家人在后海找到了李莲英的头颅，身躯却不知下落。
文中，作者字里行间中提到的两个人难逃干系，一位是请客人———江朝宗，另外一位则是太监小德张。小德张，清末又一位名噪一时的太监。因为得到隆裕皇太后宠爱，成为二品太监总管。颜仪民文中多次强调：小德张是李莲英的死敌。
文章刊登后，李莲英被杀于后海的说法开始流行。但更大的争论也应声而起。有专家认为故事的细节不合逻辑，因为按古代来说，行刺都是提着脑袋走，没有留下脑袋扛着身子走的，而且唐益年再次以史料为据，首先排除了江朝宗的嫌疑。“江朝宗是在宣统二年（1910年）任陕西汉中镇总兵，一直到民国二年（1912年）才从陕西回到北京，担任北洋政府的北京卫戍司令，李莲英死在宣统三年（1911年），这时江朝宗还远在几千里之外当总兵，怎么去杀李莲英呢？”
同时，唐益年也对文中所讲的，小德张是李莲英死敌的说法，表示不敢苟同。“小德张比李莲英小很多，他是在李莲英出宫后，隆裕皇后当上太后时才慢慢得势，而且小德张从入宫一直到他出宫，从来没在慈禧太后身边当过差，所以两人之间根本没有利害冲突。”
争论不休，李莲英之死谜底未解
王道成，人民大学清史研究所研究员，他对颜仪民的讲述也表示了异议。依照档案记载，江朝宗当时并不在京，那么李莲英是与江朝宗吃饭之后被杀的说法，就有了明显疑点。但是，颜仪民却为自己的说法，提供了不容置疑的证明：这一切他是亲耳听江朝宗之子江宝仓讲述的。
颜仪民满姓叶赫颜扎，他在文中称，其家族也曾是清王朝时期的大户人家，其叔父毓贤曾为山东巡抚，而父亲毓泰曾经就是江朝宗的机要秘书。颜仪民说，正是两家这样的渊源，他和江朝宗的儿子江宝仓成为了忘年交。而江宝仓对李莲英被害一事毫无顾忌，不仅向颜仪民讲述了后海的事发经过，甚至泄露了其中隐情：“李莲英被杀后，次日一大早，李莲英的弟弟就跑到江府来禀报，江朝宗当时还故作镇静。”
颜仪民认为，江朝宗这种明知故问的态度，完全说明了他与李莲英在后海被杀有关。然而，这个证据也遇到了质疑。为了说明小德张和李莲英素有嫌怨，颜仪民在文中说，小德张曾奏请隆裕太后下令查办李莲英的财产。
但王道成认为，“李莲英已经退休了，退休后他为什么还把300万两银子放在宫里？据《老太监的回忆》记载，慈禧太后去世后，李莲英就把他收藏在宫里的80万两金条抬到了住处，另外的亲属有100多人，他把财产按亲疏关系都分给他们，那么那些太监们怎么可能再来打他的主意？”
这处例证也许有失严谨，那么是否影响整篇文章的真实性？由于颜仪民先生已于2003年时故去，所以已经无法听到他亲口讲述曾经的所见所闻，而94年前，发生在后海那惊险一幕的真实性，也只能等待继续考证。
从1985年佟洵发表《李莲英死因之谜》至今，整整20年间，关于李莲英死因的争论一直不绝于耳。多年后，李莲英之死的谜底或许有全部揭开的一天。
另类说法
李莲英死因的种种传说
在民间，关于李莲英之死有多种说法。有传说，他死于革命党之手。因为李莲英正好死在辛亥革命时期。此外，有传言说李莲英被宫中的仇敌所害，也有人说他被杀死在去山东讨债的路上。
但李莲英的过继孙女李乐正说，祖父死于痢疾，得病三四天就突然死亡。但有专家怀疑了这种解释，因为按1911年3月4日来讲，正是初春季节，这个季节得痢疾让人费解。
对于这些不同版本的传言，虽然都没有找到李莲英被杀的直接证据，但专家认为，那些史料中模糊的记载，以及散布于民间的传闻，以至李莲英后人言语中的破绽，都已经暗示了李莲英之死的种种蹊跷。
