一、土地性质不同和征收目的不同
城市征收是依法收回土地使用权;而村镇征地拆迁的房屋一般占有宅基地，归当地村集体所有，征收行为需要先将集体所以有土地征为国有，改变所有权。
城市房屋征收一般是对建在国有土地上的房屋予以拆除，目的是商业发展、带动就业、城区规划，公共基础建设的目的，比如旧城改造，引入工厂企业，商业品牌入驻，修建地铁、隧道等;农村房屋则是建在集体所有的土地上，一般是国家出自于集体利益公共基础设施建设而征收比如修路、建桥、医院、小学等。
二、作出征收决定的程序不同
1、 征收决定的主体和关键文件不同
国有土地上房屋的征收由县级以上人民政府做出征收决策，其下属机构执行落实。通常由城建局房屋征收部门实施。城市房屋拆迁补偿所做出的关键文档是《房屋征收决定》。
集体所有土地上的房屋征收由国务院办公厅、省、自治区及直辖市做出农村土地征收的审批。由县级以上人民政府公示并由相关机构执行，通常由国土资源局落实措施。农村房屋拆迁补偿的关键文档则是《土地征收批复》。
2、 房屋拆迁补偿所依据的法律法规不同
城市房屋征收被征收人的补偿权益由《国有土地上房屋征收与补偿条例》来保障;而农村房屋拆迁根据的《土地管理法》及最新法律法规执行。
农村集体土地上的房屋补偿标准，国家没有统一的规定。但有其必须遵守的原则1、不得降低被征收人原有生活水平;2、先补后迁;3、拆一补一;4、要做到短期生活有改善，长远生活有保证等。
三、征收补偿标准不同
1、城市国有土地上的房屋征收补偿标准
依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》要求，相关部门应给与被征收人补偿包含：被征收房屋使用价值;临时性安置费;停工停业损失补偿;政策奖励费用等，且要求对被征收房屋使用价值的补偿，不可小于房屋征收决定公示之时被征收房屋相近房地产业的价格行情。
2、农村集体土地上的房屋征收补偿标准
依据《土地管理法》有关要求，就农村土地征收的，征收方要依照被征收农村土地的原主要用途给与补偿。征收农用地的补偿包含土地征收补偿、安置补助费用及其地上附着物和青苗补偿费用。
另外，补偿标准要根据房屋的建筑结构和修建年代、地理位置和用途进行综合考量。还要结合政府的安置方式来区别计算。选择产权置换补偿方式的，征收人应该给予合理面积和装修费补偿、搬迁费补助、过渡费;选择划地重建方式的，应该给予重置成新价补偿、装修费和搬迁补助、过渡费;选择纯货币补偿的，应该给予附近城镇的商品房均价的补偿。
