河马的平均寿命在30-40年之间。在现实生活中，有很多因素会导致河马寿命缩短。尤其是小河马，容易被体型比较大的动物捕食。成年的大河马虽然一般没有天敌，不过也可能会因为各种人类的活动缩短寿命。
河马常见的主要威胁，是为了猎肉和牙齿而进行的非法和无限制的狩猎，及栖息地丧失。非法狩猎被认为在栖息地领域的发生的战乱最为严重，超过8年的在刚果（金）内乱和战斗中，当地的河马种群下降了95%以上，来自布隆迪和科特迪瓦也有报道广泛被偷猎肉食。对于常见的河马种群保护区高比例的国家，河马数量的降低速度要低得多，因此要奖励栖息地的保护并且对非法狩猎制定惩治措施。
