品种不同
1奇亚籽是薄荷类植物芡欧鼠尾草的种子，原产于墨西哥南部以及危地马拉等北美洲地区；而亚麻籽也被称为胡麻籽、秋麻籽等，是一年生草本植物亚麻的成熟种子，其种植历史已经有五千多年了，十分悠久。
形态不同
2奇亚籽比较小，通常呈椭圆形，表面十分光滑，颜色从米HS到深咖啡色，具有一定的光泽度，其表面带有一定的大理石花纹；而亚麻籽通常呈扁平卵圆形，一端钝圆，另端尖而略偏斜，表面红棕色或灰褐色，平滑有光泽。
功效不同
3奇亚籽中含有多种人体所必需的蛋白质、脂肪酸以及多种抗氧化活性成分，比如绿原酸、咖啡酸、杨梅酮、槲皮素、山奈酚等，具有补充蛋白质、增强抵抗力、抗氧化的作用；亚麻籽的主要成分为脂肪酸、膳食纤维等，具有滋润肌肤、消炎止喘、降低胆固醇的作用。
食用方式不同
4奇亚籽可以直接嚼食，其味道十分的香醇，在生活中一般是用来泡水或者作为调味料添加到水果沙拉、饮料等食物当中；而亚麻籽因为含油量丰富，在生活中主要是作为油料用于食用植物油的生产加工。
