南宋时，孔子第四十八世孙袭封衍圣公孔端友率族人随高宗南下，赐家于衢，宋亡后，元忽必烈让孔氏后裔由衢回山东，衢州孔洙以其先人在衢为由不去山东，让爵山东孔氏，衢州一族从此定居，因此衢州孔庙世称孔氏南宗家庙。
孔氏南宗家庙位于衢州市柯城区府山街道新桥街中段北侧，为中国仅有的三座孔氏家庙之一，素称“南宗”，该庙占地面积14000平方米，建筑面积7490平方米。距今约有700多年的历史。据史料记载，北宋末年，金兵南侵，宋高宗赵构仓促南渡，建都于临安，孔子第48代裔孙孔端友，负着孔子和孔子夫人的楷木像，离开山东曲阜，南迁至此，后敕建孔氏家庙，为宗庙。孔氏南宗家庙既是官庙，亦有家庙功能，是衍圣公南迁后祭祀孔子先圣的地方，且比拟曲阜而建，具有重要的历史地位和极高的文物价值。
