鳄鱼是国家一级保护动物。扬子鳄、中美短吻鳄、南美短吻鳄、窄吻鳄、尖吻鳄、中介鳄、菲律宾鳄、佩滕鳄，尼罗鳄、恒河鳄、湾鳄、菱斑鳄、暹罗鳄、短吻鳄、马来鳄、食鱼鳄等属于濒危野生动植物种，是国际性重要保护物种，被《华盛顿公约》CITES列入附录I名单，禁止其国际贸易。
鳄鱼分不同种类，有的数量少受保护，有的数量多就不太受重视。酒店里出卖的鳄鱼叫暹罗鳄，并不是扬子鳄种属，部分是由泰国原产地进口，部分是由老挝、越南等东南亚国家走私入关。市场上所见到的鳄鱼并不是野生的，而是由人工驯养繁殖的三代以后的鳄鱼，经国家林业局批准，是可以进行销售与食用的。
鳄鱼保护的需要：1、鳄鱼是生态价值、科学价值和经济价值极高的野生动物。因此，世界上一些国家积极发展鳄鱼养殖业。
2、鳄鱼之所以引起特别关注乃因其在进化史上的地位：鳄是现存生物中与史前时代似恐龙的爬虫类动物相联结的最后纽带，同时大量的各种鳄化石已被发现，4个亚目中有3个已经绝灭。根据这些广泛的化石纪录，有可能建立起鳄和其他脊椎动物间明确关系。
