主流史学界认为珍妃的死因是因为支持光绪进行戊戌变法,向慈禧争夺最高权力而触怒了慈禧太后；
部分史学家认为,珍妃主要因多次违反宫闱禁忌,卖官受贿,并且珍妃的得宠导致了慈禧太后侄女隆裕皇后的失宠,这使慈禧和珍妃间的隔阂越来越深。
普遍的说法为，当年兵临城下，慈禧决定携带光绪等一行人出走西安。此时，大家都换了百姓布衣聚在宁寿宫后殿的乐寿堂，慈禧忽感触前事，出珍妃于牢院。
之后慈禧以“珍妃年轻貌美，必遭洋人侮辱，愧对列祖列宗。”等借口，命太监将乐寿堂前的井盖打开，要珍妃自尽，珍妃不肯死。
众人遂令太监将珍妃推入井中，年仅二十五岁。执行此命的是慈禧的领班太监崔玉贵和宫女王德环。
虽然野史和民间流传中，慈禧太后都非常讨厌珍妃，但实际上珍妃在刚刚进宫的时候，慈禧是非常喜欢她的。
珍妃漂亮聪明，慈禧在她身上看到了自己年轻时的影子。慈禧知道她喜欢画画，便令宫廷女画师缪嘉蕙教之，有进贡的稀罕之物，也必赏赐给她一份。
但是经过一系列的事情后，慈禧对珍妃逐渐产生了反感，这主要是珍妃叛逆的性格所致。慈禧个性守旧古板，在她看来，珍妃的行为简直是不守妇道。
清朝末年，照相术已经传入中国，却被因循守旧的顽固人物视为“西洋淫巧之物”，甚至有人认为照相能摄去人的魂魄。珍妃对外界事物接触比较多，好奇心强，便托人买来照相机。
珍妃不仅在景仁宫，还在皇帝居住的养心殿以及其他地方，穿上各式各样的时装、不拘姿势地照相。她穿的服装在当时来说算是比较失体面的，这让慈禧很看不惯，珍妃不顾她的反对，公然在宫中照相，于是惹怒了慈禧。
此外，珍妃还喜爱女扮男装，穿戴男子的冠服与光绪嬉戏，甚至还穿上皇帝的龙袍。慈禧听闻后大怒，以为不成体统，教训了她一顿，但此时尚无杀她之心。
珍妃真正触怒慈禧的是她的干政。她不仅公然支持光绪的各种改革变法，向慈禧争夺最高权力，而且还多次违反宫闱禁忌，甚至卖官受贿。
光绪宠爱她，对她的话唯命是从，冷落了慈禧的亲侄女隆裕皇后，这种种的原因加在一起，导致了珍妃的悲剧。
