自然海区海马主要摄食小型甲壳动物，主要有挠足类、蔓足类的藤壶幼体、虾类的幼体及成体、萤虾、糠虾和钩虾等。在人工饲养条件下，以摄食糠虾和樱虾效果最好，其次为足类和端足类。淡水枝角类等也可为食，但要注意避免因在海水中迅速死亡以污染水质。
捕食
在鱼类当中，海马很独特地具有弯曲的颈子，与长长的口鼻头部，外观看起来和马相似。海马的整体外形，加上没有尾鳍，使它们成为地球上行动最慢的泳者。它们游不快，通常只像海草一样，以卷曲的尾巴系在海底。
因为所有海洋生物都喜欢吃桡足生物，所以它们对掠食者靠近产生的水纹波动极端敏感。桡足类生物一旦侦知敌人靠近，每秒游动的距离可以超过自身长度的500倍。相形之下，以飞快奔驰着称的猎豹，每秒的行进速度也不过是它们身长的30倍。
但是海马。海马必须利用弓形的颈子当弹簧，以扭动头部朝前捕捉猎物，这也限制它们捕捉食物的有效距离，只相当于颈子的长度，亦即0.1厘米。然而，海马却能利用头部的特殊形状，悄悄地靠近猎物，然后加以捕捉，而且成功机率超过90%。海马的嘴位于长形口鼻的末端，朝猎物移动时，口鼻附近的水纹几乎不动，所以能够偷偷地靠近对方，成功捕食。
