1、企业上市条件不同：目前主板实行审核制，科创板实行注册制，主板上市的条件要严格于创业板，在财务上有严格的要求。科创板上市标准则要宽泛许多，企业在科创板上市有五套标准，满足一点即可上市。
2、投资者开户条件不同：主板市场开户无门槛，科创板则要求证券账户资产在50万元以上，以及有两年交易经验。
3、交易制度不同：主板的涨跌幅限制为10%，科创板涨跌幅限制为20%。且科创板新股在上市后第一至第五个交易日内是无涨跌幅限制的。
4、市场定位不同：股票主板是以传统产业为主的股票交易市场，主要服务于符合国家战略、突破关键核心技术、市场认可度高的科技创新企业。
