密封生态瓶的原理是生态瓶中的小石为微生物提供藏身处免被小鱼所吃，为细菌提供生长地方，让细菌能作为分解者分解生态系统之中的废物。生态瓶是一个密封的生态系统，就像地球一样，生态瓶中的小石代表地球的土地，有约三分二的水及三分一的空气，生命为鱼、藻、细菌，能量来源是阳光。
密封生态瓶的注意事项：
1、小生态瓶应该是封闭的因为我们需要模拟的是独立的生态系统，与外界只有能量交换而没有物质交换。
2、对生态瓶中生物的要求，瓶中各种生物的生活力要强，要有一定的耐久性，即不容易死亡，瓶中的生物种类要齐全，即生产者、消费者和分解者都要有，这样才能完成物质循环和能量流动，瓶中各种生物要适量且比例要恰当，要符合能量流动逐级递减的基本特点。
3、生态瓶尽可能是无色透明的，一是便于观察，二是有利于透光。
4、生态瓶中水面以上要留有1/5的空间，模拟生态系统的大气库，便于气体交换。
5、生态瓶要放在较强散射光的条件下。光照过弱，不利于水生植物光合作用，光照直射，由于生态瓶较小，水温容易升高，而水生生物一般不耐高温，容易死亡。
