酵母不能代替酒曲。两者各自所携带的菌种不同，所以作用的对象也不同。酒曲主要用于酿酒，它有促进酒精生成的菌群；酵母主要用于面食的发酵，它会使面团更加蓬松柔软，吃起来口感更好。
酵母：
酵母是基因克隆实验中常用的真核生物受体细胞，培养酵母菌和培养大肠杆菌一样方便。酵母克隆载体的种类也很多。酵母菌也有质粒存在，这种2μm长的质粒称为2μm质粒，约6300bp。这种质粒至少有一段时间存在于细胞核内染色体以外，利用2μm质粒和大肠杆菌中的质粒可以构建成能穿梭于细菌与酵母菌细胞之间的穿梭质粒。酵母克隆载体都是在这个基础上构建的。酵母是一种单细胞真菌，并非系统演化分类的单元。一种肉眼看不见的微小单细胞微生物，能将糖发酵成酒精和二氧化碳，分布于整个自然界，是一种典型的异养兼性厌氧微生物，在有氧和无氧条件下都能够存活，是一种天然发酵剂。
