蛋白棉不可以长期放在过滤。因很容易吸附杂物堵塞。蛋白棉在化学上代号为“D301”的树脂。这是一种弱碱性阴离子交换树脂，在水中离解出弱碱性的OH-离子根，可以起到吸附作用，因此，一直以来都被广泛应用在污水处理工序上。蛋白棉不建议放在网眼细小的进水口、前置桶等地方，否则很容易因吸附杂物堵塞水流畅通，特别是用在过滤筒里，毕竟不能直观看到，更换起来也比较麻烦。
蛋白棉用于水族的净水通常是处理鱼缸的黄水，这是利用其吸附作用，也是一种交换反应。蛋白棉里的离子通过交换水中固体离子，同时释放一个等价弱碱性OH-离子出来。当然，同时也能吸附水中杂散离子，从而达到净化水的目的。
既然是交换的过程，那么，很明显，蛋白棉在去除黄水的同时，极有可能会将水中酸分子吸附，交换酸性离子释放碱性离子，结果就肯定会导致水体PH值的改变！我们常说的跌酸也就是这个原理，因此，在使用蛋白棉净水的时候我们需要谨慎，否则虽然水是变清了，但是水的酸碱度激烈动荡造成的水质变化，进而导致水里生物产生健康问题就得不偿失了。
