主要区别在于生长不同、发育方式不同、种类不同。
1、生长不同
聚合果的单一果实由两个或多个心皮及茎轴发育而成。在一朵花内有多枚离生的雌蕊（心皮），每一枚雌蕊形成一个小单果，许多小单果聚生在同一花萼上所形成的果实。
聚花果是由一个花序上所有的花，还有花序轴共同发育而成，如桑、凤梨（菠萝）、无花果。
2、发育方式不同
聚花果是由整个花序发育成的果子，如桑椹，其开花后被变得肥厚多汁，包被一个瘦果。凤梨（菠萝） 是由多数不孕的花着生在肥大肉质的花序轴上所形成的果实，其肉质多汁的花序轴成为果实的可食部分。
聚合果是由一朵花中多数离生雌蕊发育而成的果实，每一个雌蕊都形成一个独立的小果，集生在膨大的花托上。聚合果根据小果的不同而分为聚合蓇葖果、聚合坚果、聚合瘦果、聚合核果。
3、种类不同
聚花果也称花序果、复果，是指由整个花序发育成的果实。如桑的果实是由雌花序发育成的聚花果，每一雌花的子房发育成一个小单果，包藏在厚而多汁的花萼中，食用复果的肉质多汁部分为雌花花萼，但这些果实到成熟时会结合成一颗较大的果。例如：凤梨、面包树、无花果，又如：桑椹、榕树、雀榕、桑橙等桑科植物。
聚合果是果实的一种也称作聚心皮果，指单一果实由两个或多个心皮及茎轴发育而成。在一朵花内有多枚离生的雌蕊（心皮），每一枚雌蕊形成一个小单果，许多小单果聚生在同一花托上所形成的果实。如草莓、毛莨等的果实。
